La fundación Josefina Martínez nació en 1940 gracias a la iniciativa de la Srta. Josefina Martínez de Ferrari, quien donó gran parte de su fortuna para construir un hospital para niños tuberculosos provenientes de familias de bajos recursos.
Cinco años más tarde, el 3 de agosto de 1945, se hace realidad el hospital. Un edificio de cinco pisos que contó en un principio con capacidad para atender a 200 pacientes. El recinto estaba rodeado por amplias áreas verdes y se ubicaba en la Avda. Concha y Toro, comuna de Puente Alto.
A partir de 1973 y debido a la disminución de la tuberculosis en el país, el hospital fue derivando a la atención de pacientes con otras patologías pulmonares crónicas oxigenodependiente (displasia broncopulmonar, secuela de adenovirus, entre otras).
Junto con esto, y por la consiguiente baja en el número de pacientes, el Hospital Dr. Sótero del Río fue ocupando en forma paulatina camas para su servicio de pediatría. Fue así como en 1984 se firma un convenio entre el Servicio de Salud Metropolitano Sur Oriente y la Fundación, con el cual se logró la permuta del Hospital de la Fundación por un edificio de construcción reciente ubicado en Avda. Camilo Henríquez #3691, en la misma comuna, lugar de actual funcionamiento.
Actualmente y en respuesta a las necesidades de la sociedad, el hospital ha realizado una renovación profunda en sus objetivos y organización, para atender de la mejor manera a los niños que requieren asistencia ventilatoria.
En septiembre del año 2005, se firma un convenio docente – asistencial con la Pontificia Universidad Católica (PUC), bajo la rectoría del doctor Pedro Pablo Rosso R., convirtiendo el Hospital en campo clínico asociado.
Posteriormente, a inicios de 2006, incorporan al Directorio de la Fundación el Dr. Ignacio Sánchez D., convirtiéndose en presidente de la Fundación y el Sr. Jaime Bellolio R. En el año 2010 un tercer representante de la PUC, Sr. Edgardo Fuenzalida R., manteniéndose el Sr. Gonzalo García B. y Dr. Marcelo Somarriva L.
Durante el periodo 2018 se acreditó con un 97% de cumplimiento como un Hospital de Alta Complejidad, condición obligatoria en la reforma de salud para operar con Servicios Sanitarios del Estado.